镇级农事服务中心作为一项新生事物，是镇级农合联实体化运作的重要平台，也是农民增收的有效载体。而当前镇级农事服务中心在建设过程中，仍然存在一些难点问题，需加以克服。
　　一是思想认识有待提高。部门之间、部门内部对镇级农事服务中心的职能界定、服务内涵、管理机制等尚未形成共识，镇街道对镇级农事服务中心建设的重要性和必要性认识不足。大部分农民仍保有传统的生产经营理念，抱团合作意识不强，认为农事服务中心实际作用不大，对其发展缺乏信心。
　　二是建设标准不够统一。目前涉农的机构有镇（街道）农办、镇农合联、农业公共服务中心、镇级农事服务中心等，它们之间职责边界不清，功能重叠，缺乏统筹协调和资源整合。镇级农事服务中心普遍缺乏科学有效的运行管理机制，有的虽然提出了建设目标和考核机制，却往往为建而建，未能发挥实际功效。
　　三是要素保障不够充分。大部分镇级农事服务中心场地设置偏僻，且面积普遍不达标，影响后续发展。由于性质不够明确，又缺乏专技人才，大部分镇级农事服务中心无法发挥应有的作用。此外，多数镇级农事服务中心除上级补助外，基本没有日常的运营经费，造血功能严重缺失，发展受到制约。
　　四是实际运作仍欠规范。因缺少有效的指导和帮助，部分镇级农事服务中心内控机制薄弱、管理不够规范。同时，在为农服务的项目设计、载体搭建方面也缺乏目标性、计划性，存在联系农户不够紧密、项目实施不够精准、合作服务层次较低、运行程序不够到位等问题。